这是一段攻壳机动队成立前夕鲜为人知而又影响深远的故事。2027年6月6日的一天，隶属陆军机密部队501机关的真室中佐（宫内敦士 配音）在闹市街头被人杀害，此前他曾陷入军火买卖的贿赂丑闻不得脱身，他对死亡背后自然隐藏着无数谜团。阴雨之夜，试图取回真室电子脑的公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）与生化人草薙素子（坂本真绫 配音）在真室…

在一场阴谋中，高中生星村真姬娜（秋山奈奈 配音）及其全家被名为“七星”的神秘组织全数杀害。之后，和尚田神景世（藤原启治 配音）利用属大元帅系真元密宗的光言宗的神秘法术将真姬娜复活使其成为“尸姬”——一种死前怨念极深，复活后拥有异于常人的强大行动力的活死人。尸姬通常为女性，按照契约中所述，她们要跟同类“尸”战斗，当斩杀满1…