在参拜母亲坟墓的回程途中，真嗣（绪方惠美 配音）和葛城美里（三石琴乃 配音）遭遇了第七使徒的攻击，关键时刻2号机势如破竹挫败对手，真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾（宫村优子 配音）。与沉默寡言的绫波丽（林原惠美 配音）不同，明日香自信张扬，甚至有些自大，在和真嗣相处的日子里，彼此闹出不少的笑话。他们三人分别…

　日本上空突然出現謎樣的生命體，隨機綁架地球上的女性。遭綁架的無辜女子，會全身被束縛的狀態下強制受孕後送回地球。某日，水月禮的妹妹亞美慘遭不明生物擄走，為了解救心愛的妹妹，她不得不與防衛省合作，對抗謎樣的浮遊物體的侵略。