蔚蓝宁静的大海中，生活着一对好朋友，大白鲨大猪和小竹鲨泡泡，他们终日在珊瑚礁之间穿梭游弋，注视着即将来到这个世界上的同类小伙伴。可是，贪婪的人类潜至洋底，肆意捕捞鲨鱼卵，只为满足口腹之欲。与此同时，无良的现代化工厂任意倾倒废水废料，蔚蓝的大海变得污浊不堪。大猪和泡泡各有各的烦恼，大猪一直都以轮胎为食，如今却希望能尝尝新…

动画电影《神秘世界历险记3》将继续用东方人特有的方式去讲述童话故事，主创人员更将继续用心构造一个令人心驰神往的世界。在《神秘世界历险记3》中雨果为了帮助啦啦取得修炼族长法术的灵石而再次受到来自神秘世界的召唤。唯一不同的是，这次的雨果将不再是自己一个人踏上旅程，而是将于自己的父亲王大山一起出发。届时，令人期待已久的父女之行…

雨果（刘校妤 配音）是一个天真可爱的女孩，在和爸爸大吵一架后，雨果决定离家出走，来到了神秘世界，寻找她住在这里的朋友啦啦（孟泉霖 配音）和熊大叔（陆揆 配音），久别重逢令三人分外的高兴，然而，就在这欢愉尚未退却之时，意外发生了。

淘气小女孩雨果与父亲赌气后离开家，再次回到神秘世界寻找老朋友“啦啦”和“熊大叔”。在雨果和熊大叔、啦啦为重逢而喜悦之时，一个巨大的危机也悄然袭来，所有喝过水的生命都变小了。 　　原来是地下宫殿的鼠族首领番薯，偶然发现了远古的预言，它在危机爆发前吩咐鼠民囤聚了活水，它企图借助这个危机将其它生命变为鼠族的奴役。 　　在番薯的…

一群淘气小摩尔“RK”联盟恶作剧，亘古不变的摩尔拉雅雪山融化了。历代守卫圣山的圣熊巴蒂迁怒于摩尔们，用黑魔法将热闹繁华的摩尔庄园一夜冰封…要解决摩尔世界乃至整个自然世界的危机，必须重新缔结熊族、摩尔族和拉姆族的盟誓。英勇的其其和么么公主历经生死考验，最终向拉姆王证明了忠诚、勇敢和牺牲的含义。在拉姆王的帮助下，其其获得了大…