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突袭世界的大灾难“第二次冲击”后,世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他,却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下,特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下,并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的,却是是父亲冷酷地命令:驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战…
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21世纪初的日本,原因不明的地壳变动使以横滨为中心,半径30公里的区域突然隆起,它从此以后被称为“Lost Ground”。由于日本政府在此地实行的街道复兴计划,使这个地方成为特殊的二层社会,这里的人被划分为住在复兴地区的“inner”和住在崩坏地区的“outer”,而不久之后在Lost Ground出生的人开始拥有一种叫“Alter”的超能力,他们以这…